ചാലിയം കോട്ടയുടെ തകര്‍ച്ച
ബേപ്പൂരിനടുത്തുള്ള ചാലിയത്ത് പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ ഒരു കോട്ട കെട്ടിപ്പടുത്തിരുന്നു. 1571-ല്‍ സാമൂതിരി ഈ കോട്ട പിടിച്ചെടുത്തു. പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ക്കെതിരെ സാമൂതിരി നേടിയ മികച്ച വിജയങ്ങളില്‍ ഒന്നായിരുന്നു ഇത്.
മുസ്ലീം സുല്‍ത്താന്മാരായ ആദില്‍ഷാ, നൈസാം, എന്നിവരുമായി നാമൂതിരി സമധാനക്കരാറില്‍ ഏര്‍പ്പെട്ടിരുന്നു. ഇവര്‍ ഒത്തൊരുമിച്ചാണ് പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ക്കെതിരെ ആക്രമണം നടത്തിയത്. നൈസാം ആക്രമണം നടത്തിയത്. നൈസാം പോര്‍ച്ചുഗീസ് പട്ടണമായ കൗളും ആദില്‍ഷാ ഗോവയും സാമൂതിരി ചാലിയം കോട്ടയും ലക്ഷ്യമാക്കി നീങ്ങി.
കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാരുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള നാവികസേന കടലിലും സാമൂതിരിയുടെ കാലാള്‍പ്പട കരയിലുമായി ചാലിയം കോട്ട വളഞ്ഞു. നാലുമാസത്തോളമാണ് ഉപരോധം നീണ്ടത്. കോട്ടയ്കകത്തേക്കോ പുറത്തേക്കോ ആരേയും കടത്തിവിട്ടില്ല. ഭക്ഷണവുമായി വന്ന പോര്‍ച്ചുഗീസ് കപ്പലുകളെ കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാര്‍ ആക്രമിച്ചു തകര്‍ത്തു ഭക്ഷണം കിട്ടാതെ പടയാളികള്‍ കോട്ടയ്ക്കകത്ത് മരിച്ചുവീഴുമെന്നായതോടെ അവര്‍ ആയുധം വച്ച് കീഴടങ്ങി. ഇരച്ചുകയറിയ സാമൂതിരിപ്പട ഒന്നും ബാക്കിവയ്ക്കാതെ കോട്ട ഇടിച്ചുനിരത്തി.
ചാലിയം കോട്ടയുടെ തകര്‍ച്ച പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ക്ക് വന്‍ തിരിച്ചടിയായി. പക്ഷെ അവര്‍ തീരം വിട്ടുപോയില്ല. പിന്നെയും 10 വര്‍ഷത്തോളം കൊച്ചി അവരുടെ കീഴിലാണ് ഉണ്ടായിരുന്നത്. കണ്ണൂര്‍, കൊല്ലം, പുറക്കാട് എന്നിവിടങ്ങളിലും ചെറിയതോതില്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസ് സ്വാധീനം നിലനിന്നു. ഇവിടത്തെ കുരുമുളകിന് വന്‍വില ലഭിച്ചിരുന്നതിനാല്‍ പോര്‍ച്ചുഗലില്‍ നിന്നുള്ള കച്ചവടക്കപ്പലുകളും ഇങ്ങോട്ടെത്തിക്കൊണ്ടിരുന്നു.
പോര്‍ച്ചുഗീസ് താവളത്തിനു സമീപം ഒരു മാപ്പിള നാവികന്റെ മൃതദേഹം കണ്ടെതിനെത്തുടര്‍ന്ന് ഇതിനിടെ കണ്ണൂരിലും കനത്ത യുദ്ധമുണ്ടായി. അവിടെത്തെ കോട്ട മരയ്ക്കാന്മാര്‍ തകര്‍ത്തു. വിവരമറിഞ്ഞ് ഗോവയില്‍നിന്ന് പുറപ്പെട്ട പോര്‍ച്ചുഗീസ് കപ്പലുകളെ കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാര്‍ തുരത്തിയോടിച്ചു.
പോര്‍ച്ചുഗലില്‍ നിന്നെത്തിയ കൂടുതല്‍ കപ്പലുകള്‍ അറബിക്കടലില്‍ വീണ്ടും പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു, എന്നാല്‍ കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാരുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ഒളിപ്പോരിനു മുന്നില്‍ പിടിച്ചു നില്‍ക്കാനാവാതെ അവര്‍ ഗോവയിലേക്ക് മടങ്ങി. കുഞ്ഞാലിയുടെ ഉപനായകനായ കൂട്ടിപ്പോക്കര്‍ കപ്പിത്താന്‍ ചാലിയത്തും മംഗലാപുരത്തും പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുമായി ഏറ്റുമുട്ടി അവര്‍ക്ക് കനത്ത നാശം വരുത്തി. പടിഞ്ഞാറന്‍ തീരത്തുടനീളം കുഞ്ഞാലിപ്പടയുടെ രഹസ്യതാവളങ്ങളുണ്ടായിരുന്നു.