പഠിച്ചെടുത്ത ആയുധവിദ്യ
മികച്ച പീരങ്കികളും വെടിമരുന്നുമാണ് കുഞ്ഞാലിമാരോടുള്ള യുദ്ധത്തില്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരെ സഹായിച്ചത്. വലിയതരം പീരങ്കികളുടെ നിര്‍മാണരഹസ്യം കേരളീയര്‍ക്ക് അജ്ഞാതമായിരുന്നു. സാമൂതിരി ഈ കുറവ് പരിഹരിക്കാനുള്ള മാര്‍ഗം അന്വേഷിച്ചു. വിദേശസുഹൃത്തുക്കളില്‍ നിന്ന് ആയുധങ്ങള്‍ വാങ്ങാനും പദ്ധതിയിട്ടു. ഈ സമയത്താണ് കൊച്ചിയിലെ പോര്‍ച്ചുഗീസ് പാളയത്തില്‍ നിന്ന് കൂറുമാറിയ ഒരു ഇറ്റലിക്കാരന്‍ സാമൂതിരിയുടെ അരികിലെത്തിയത്. വലിയ പീരങ്കികള്‍ ഉണ്ടാക്കാനുള്ള വിദ്യ അദ്ദേഹത്തിനറിയാമായിരുന്നു. സാമൂതിരി അതിന് എല്ലാ സഹായങ്ങളും ചെയ്തുകൊടുത്തു. അങ്ങനെ അദ്ദേഹം മികച്ച പീരങ്കികള്‍ ഉണ്ടാക്കി. നാട്ടുകാരെ പീരങ്കിയുണ്ടാക്കുന്ന വിദ്യ പഠിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. പീരങ്കി പ്രയോഗിക്കാനുള്ള പരിശീലനവും നല്‍കി. ആധുനികരീതിയിലുള്ള കപ്പലുകളുടെ നിര്‍മാണവും ഇതിനകം കോഴിക്കോട് നടന്നിരുന്നു. സാമൂതിരിയുടെ നാവികപ്പടയിലുണ്ടായിരുന്ന കപ്പലുകളെ കുറവും പരിഹരിക്കപ്പെട്ടു.
പടമരയ്ക്കാര്‍ എന്ന കുഞ്ഞാലിമരയ്ക്കാര്‍ മൂന്നാമന്റെ കാലം മുതലാണ്‌ കുഞ്ഞാലിമാര്‍ ആധുനിക രീതിയിലുള്ള കപ്പലുകളും, പീരങ്കികളും ഉപയോഗിച്ചു തുടങ്ങിയത്. പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരെ നേരിടാന്‍ ഈജിപ്ത് തുര്‍ക്കി തുടങ്ങിയ വിദേശശക്തികളുടെ സഹായo സാമൂതിരി അഭ്യര്‍ഥിച്ചിരുന്നു. ഫലപ്രദമായ ഒരു നേട്ടവും അതുകൊണ്ടുണ്ടായില്ല. കുറേ പണം ചെലവഴിച്ചതു മാത്രം മിച്ചം.
വിദേശസഹായം കൂടാതെ തന്നെ പോര്‍ച്ചുഗീസ് ശക്തിയെ നിലയ്ക്ക്നിര്‍ത്താന്‍ കഴിയുമെന്ന് കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാര്‍ മൂന്നാമന്‍ തെളിയിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ ഓരോ പോരാട്ടവും പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ ശക്തി ക്ഷയിപ്പിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു.