വീണ്ടും യുദ്ധങ്ങള്‍
സാമൂതിരിയുമായി സമാധാനക്കരാര്‍ ഉണ്ടാക്കിയ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ പക്ഷേ, സമാധാനം കാത്തുസൂക്ഷിക്കാന്‍ ഒരുക്കമായിരുന്നില്ല. കുതന്ത്രങ്ങളും ക്രൂരതകളും അവര്‍ തുടര്‍ന്നുകൊണ്ടേയിരുന്നു. ചെറുകിട രാജാക്കന്മാരെയാണ് ഇവര്‍ പ്രധാനമായും ലക്‌ഷ്യം വച്ചത്. താഴേത്തട്ടിലുള്ളവര്‍ മുതല്‍ ഗവര്‍ണറെപ്പോലെ ഉന്നത പദവിയിലുള്ളവര്‍ വരെ പണമുണ്ടാക്കുവാന്‍ ഏതു ഹീനമാര്‍ഗവും സ്വീകരിച്ചത് പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ പതനത്തിനു കാരണമായി.
പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ ആക്രമിച്ച നാടുവാഴികളില്‍ പലരും സാമൂതിരിയോട് കൂറുള്ളവരായിരുന്നു. അവരെ ആക്രമിച്ചത് സാമൂതിരിക്ക് സഹിക്കാനായില്ല. ഇടപ്പള്ളി, വടക്കുംകൂര്‍ നാടുവാഴികളെ ആക്രമിച്ചത് അദ്ദേഹത്തെ കൂടുതല്‍ പ്രകോപിപ്പിച്ചു. സാമൂതിരി പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരോട് തുറന്ന യുദ്ധത്തിനു തയാറാകണമെന്നായിരുന്നു കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാരുടെ അഭിപ്രായം ആലോചനകള്‍ക്കൊടുവില്‍ സാമൂതിരി യുദ്ധത്തിനു പച്ചക്കൊടി കാട്ടി അങ്ങനെ ശാന്തമായ പത്തുവര്‍ഷങ്ങള്‍ക്കു ശേഷം കേരളതീരത്ത് വീണ്ടും സംഘര്‍ഷം പൊട്ടിപ്പുറപ്പെട്ടു.
പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ യുദ്ധക്കപ്പലുകള്‍ കൊള്ളയടിച്ചുകൊണ്ടാണ് കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാരുടെ ഒളിപ്പോര്‍ സേന ആക്രമണം തുടങ്ങിയത്. സാമൂതിരി പരസ്യമായി യുദ്ധം പ്രഖ്യാപിച്ചതോടെ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ പരമാവധി സന്നാഹങ്ങളുമായി യുദ്ധത്തിനൊരുങ്ങി. എന്നാല്‍ കുഞ്ഞാലിയുടെ നാവികപ്പട അവര്‍ക്ക് കടുത്ത ഭീഷണി ഉയര്‍ത്തിക്കൊണ്ടേയിരുന്നു. എപ്പോള്‍ എവിടെനിന്നാണ് കുഞ്ഞാലിയും കൂട്ടരും പ്രത്യക്ഷപ്പെടുക എന്ന് പറയാന്‍ വയ്യാത്ത അവസ്ഥ.
കുഞ്ഞാലിയുടെ മുന്നേറ്റം തടയാതെ നിവൃത്തിയില്ലെന്നു കണ്ട പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ അദ്ദേഹത്തെ വളഞ്ഞുപിടിക്കാന്‍ തീരുമാനിച്ചു. 36 കപ്പലുകളാണ് അതിനായി നിയോഗിക്കപ്പെട്ടത്. എന്നാല്‍ ധീരനായ കുഞ്ഞാലിയെ തളയ്ക്കാന്‍ ഇതൊന്നും മതിയാകുമായിരുന്നില്ല. ഓരോ ഏറ്റുമുട്ടലിലും പോര്‍ച്ചുഗീസ് കപ്പലുകള്‍ക്ക് കനത്ത നാശം സംഭവിച്ചുകൊണ്ടേയിരുന്നു. ചേറ്റുവായില്‍ നടന്ന ഏറ്റുമുട്ടലില്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ കപ്പലുകളില്‍ ഭൂരിഭാഗവും നശിപ്പിച്ചശേഷമാണ് കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാര്‍ തിരികെപ്പോയത്.